Zdarza się, że chcemy lub musimy korzystać z serwera pośredniczącego (proxy), w tym celu trzeba wskazać programowi jego adres i port. Konfiguracja proxy w GNU/Linuksie zależy od programu klienckiego i może być wykonana na jeden z trzech sposobów, oto ich lista:

• zmienne środowiskowe - z nich korzystają głównie programy działające w trybie znakowym np.: lynx, wget, poldek. Definiujemy je następująco: {$protokół}_proxy np. serwer proxy dla FTP wskazujemy za pomocą zmiennej ftp_proxy zaś dla HTTP za pomocą http_proxy np.:

  export ftp_proxy=w3cache.dialog.net.pl:8080

  Są programy, które akceptują nazwy tych zmiennych napisanych wyłącznie wielkimi literami, tak więc dla wygody i pewności możemy zdefiniować obie wersje. Więcej o zmiennych środowiskowych znajdziemy w tym dokumencie.

• opcje programu - wiele bardziej rozbudowanych aplikacji używa własnej konfiguracji proxy. Są to przeważnie programy dla środowiska X-Window np.: gFTP, Firefox, Opera.

• konfiguracja środowiska - programy ściśle związane ze środowiskami graficznymi Gnome lub KDE używają ustawień tychże środowisk. Do tego typu programów należą np.: Epiphany, Konqueror.